Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας ιδρύθηκε στο Πανεπιστήμιο Αθηνών με απόφαση της Πανεπιστημιακής Συγκλήτου στις 10 Νοεμβρίου 1983, δυνάμει του άρθρου 1 του Π.Δ. 432/05.05.1981 (Α' 118), το οποίο αντικαταστάθηκε με την υπ’ αρ. Υ.Α. Β1/819/1988 (Β' 920) και εν συνεχεία με την Υ.Α. ΚΑ/679/22.08.1996 (Β' 826), η οποία κυρώθηκε αναδρομικά από την έκδοσή της με το άρθρο 36 του ν. 3794/2009 (Α' 156) και καταργήθηκε με το εδάφιο ιζ' του άρθρου 88 του ν. 4485/2017 (Α' 114).
Το νομικό πλαίσιο λειτουργίας του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας καθορίζεται από τις διατάξεις του ν. 4957/2022 (Α' 141), του ν. 5094/2024, από τον ισχύοντα Οδηγό Χρηματοδότησης (Β' 5100/2023) και από επιμέρους κανονιστικές πράξεις της Επιτροπής Ερευνών του Ε.Λ.Κ.Ε και άλλων αρμοδίων οργάνων του Ε.Κ.Π.Α.
Σκοπός του Ε.Λ.Κ.Ε., σύμφωνα με την παράγραφο 2 του άρθρου 229 του ν.4957/2022, είναι η διαχείριση και διάθεση κονδυλίων που προέρχονται από οποιαδήποτε πηγή χρηματοδότησης, όπως αυτές καθορίζονται στο άρθρο 230 και προορίζονται για την κάλυψη δαπανών, οποιουδήποτε είδους, που είναι απαραίτητες για τις ανάγκες εκτέλεσης έργων ερευνητικών, εκπαιδευτικών, επιμορφωτικών, αναπτυξιακών καθώς και έργων συνεχιζόμενης κατάρτισης, σεμιναρίων και συνεδρίων, παροχής επιστημονικών, τεχνολογικών και καλλιτεχνικών υπηρεσιών, εκπόνησης ειδικών και κλινικών μελετών, εκτέλεσης δοκιμών, μετρήσεων, εργαστηριακών εξετάσεων και αναλύσεων, παροχής γνωμοδοτήσεων, σύνταξης προδιαγραφών για λογαριασμό τρίτων, σχεδιασμού και υλοποίησης επιστημονικών, ερευνητικών, πολιτιστικών και αναπτυξιακών προγραμμάτων.
Αρχικά, με τις από 28.12.2017 και 19.07.2018 αποφάσεις της Πανεπιστημιακής Συγκλήτου (Β' 1996 και Β' 4118) είχε καθοριστεί η οργανωτική διάρθρωση και δομή της Μονάδας Οικονομικής και Διοικητικής Υποστήριξης (Μ.Ο.Δ.Υ.) του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) σε επίπεδο Διεύθυνσης και οι αρμοδιότητες των επιμέρους Τμημάτων της, σε εφαρμογή των διατάξεων της περ. α΄της παρ. 5 του άρθρου 87 του ν. 4485/2017, όπως ίσχυε.
Μεταγενέστερα, με την υπ' αριθμό 919 Απόφαση της Συγκλήτου (Β' 5193/2021) και την υπ' αριθμό 1421 απόφαση του Πρυτανικού Συμβουλίου (Β’ 7018/2022), η δομή και η οργανωτική διάρθρωση της Μ.Ο.Δ.Υ. του Ε.Λ.Κ.Ε. ορίστηκε σε επίπεδο αυτοτελούς Διεύθυνσης, η οποία απαρτίζεται από δύο Υποδιευθύνσεις, ένα αυτοτελές Γραφείο, ένα αυτοτελές Τμήμα και 12 επιμέρους Τμήματα.
Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών στεγάζεται στο 2ο όροφο και στο ισόγειο του κτηρίου Τ.Υ.Π.Α./Ε.Λ.Κ.Ε., στο κτήριο Κ.Ε.Π.Α. στην Πανεπιστημιούπολη και στη Χρήστου Λαδά 6 στην Αθήνα, όπου είναι και η έδρα του. Ειδικότερα, πρωτόκολλο του Ε.Λ.Κ.Ε./Ε.Κ.Π.Α. λειτουργεί στα ακόλουθα σημεία:
