Τα όργανα διοίκησης του Ε.Λ.Κ.Ε./Ε.Κ.Π.Α. είναι τα μονομελή όργανα: α) Πρόεδρος της Επιτροπής Ερευνών και Διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε. και β) Αντιπρόεδρος της Επιτροπής Ερευνών και Διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε., ο οποίος ασκεί αρμοδιότητες κατ’ εξουσιοδότηση του Προέδρου της Ε.Ε. και τα συλλογικά όργανα: α) Ολομέλεια της Επιτροπής Ερευνών και Διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε., η οποία αποτελείται από έναν εκπρόσωπο από κάθε Τμήμα του Ε.Κ.Π.Α. και β) Ειδικό Επταμελές Όργανο της Επιτροπής Ερευνών και Διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε., το οποίο αποτελείται από πέντε μέλη, τα οποία εκλέγονται από το σώμα της Ολομέλειας, τον Πρόεδρο και τον Αντιπρόεδρο της Ε.Ε.
Τα μονομελή και συλλογικά όργανα του Ε.Λ.Κ.Ε., τα στοιχεία των μελών που τα απαρτίζουν, οι πράξεις ορισμού αυτών και οι αρμοδιότητές τους παρουσιάζονται παρακάτω:
Μονομελή Όργανα Διοίκησης του Ε.Λ.Κ.Ε.
Συλλογικά Όργανα Διοίκησης του Ε.Λ.Κ.Ε.
Επιτροπή Ερευνών και Διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε.
Ειδικό Επταμελές Όργανο της Επιτροπής Ερευνών και Διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε.